鲁道夫麾下的舰娘们，因为黑暗混沌能量的侵蚀，实力突飞猛进，但是心灵却被逐渐控制。
炮术大赛前，得知自己的提督准备勾结深潜者，对东京展开袭击，沙恩霍斯特万分惊恐，决定逃出去求助。
偶然间，沙恩霍斯特找到了洛伊下榻的宅邸。只不过那时候她早已经被黑暗混沌能量控制了大部分心智，所以无法准确清楚的表达自己的意思，只留下了一张意义不明的纸条。
不过从引起了洛伊注意这一点来看，她的求助还是成功的。
炮术大赛之后，为了掩人耳目，鲁道夫率领舰队离开。但是他带走的舰娘们，其实都是经过伪装的深海栖舰！沙恩霍斯特和其他舰娘，作为恐怖袭击的一个环节，被留在了东京。
接下来的事情，就是洛伊及时发现，阻止了沙恩霍斯特炮击八幡海魂神宫。
读取了沙恩霍斯特的思维后，洛伊立即通知李处长和周淼祭司。
一个多小时候，沙恩霍斯特的妹妹格奈森瑙以及其他舰娘，成功被解救。据说发现她们的时候，这些舰娘困在一个被黑暗混沌能量污染的水池里，差一点点，就要堕落为深海栖舰。
周淼祭司带领神职人员赶紧用碧蓝圣水净化，总算将几位舰娘救了回来。
另一方面，由于最初炮击八幡海魂神宫的计划失败，没有让人类守卫部队发生混乱，所以之后的深海袭击也没有掀起太大波澜，只是声势大而已。唯一损失比较大的，就是军港里的出击库。
储存在这里的舰装，全都受了轻重不一的损失，需要一段时间修复才能投入使用。
不过，还是有一层阴云笼罩在海军高层的心头：鲁道夫到底去哪儿了？
提督和舰娘，是人类对抗深海的最大依仗。尤其是提督，如果背叛了人类，堕落为深海的爪牙，那么他麾下的舰娘也将很难幸免。
这是牵一发就动全局的大问题。
如果让普通民众和基层士兵知道有提督背叛了人类，那将是严重的政治危机，整个海军，还有国联政府与海洋神教，也都会面临质疑与不信任。整个人类文明的凝聚力，都有可能受损。
所以，对于鲁道夫的调查搜索，只能暗地里进行。
这些事情就不是洛伊需要去操心的了。
深海策划的东京袭击只造成了一点微不足道的损失，所以洛伊也被判定完成了任务，得到了2000积分奖励。而女神大人也在一个晚上偷偷传送到洛伊的卧室里，惯例挑逗了一下，然后将魔法印记送给了他。
当那个饱含魔力的图案没入身体之后，他能够感觉到，自己获得了脱胎换骨一般的变化。
只不过具体效果如何，他还得慢慢搜集数据，进行定量分析，才能知道。
袭击当晚，洛伊派出空母舰娘们对鲁道夫下榻过的住宅进行监视，又让四位战舰去东京湾阻止沙恩霍斯特，所以存放在军港出击库里的，都是轻巡和驱逐们的舰装。
比起主力舰们的重型舰装，这些轻型舰装修复起来要容易得多。而且洛伊还有着独一无二的特殊能力，效率更高。
当其他提督麾下舰娘的舰装，修复进度还不到50%的时候，洛伊的舰队已经可以全状态出海了。
袭击之后第四天早晨，当洛伊正在和舰娘们一起打包行李，准备返回上海总督府的时候，却被一纸紧急命令，召唤到横须贺总督府。
日本分战区的最高指挥官，个头矮小精瘦的小泽大将，一见到洛伊，就递给他一叠照片，然后用低沉的声音说道：“中将，这是一个小时前才拍到的卫星照片。拍摄地点是南中国海，婆罗洲北部附近海域。”
照片上，几个小点正不断在大海上前行，它们所过之处，犹如洒下了墨水一样，大片大片的黑色朝四周扩散来开，将海水全部污染。
“这是深海栖舰的航迹。怎么会有深海栖舰出现在南海？”洛伊问道，“这里可是我们的大后方。而且，太平洋防线也没有受到攻击。”
“不要急，中将，继续看下去。”
洛伊又翻看了两张精度更高的照片，发现这只神不知鬼不觉出现在人类大后方的深海舰队，居然是由一艘战舰水鬼，两艘空母栖姬，四艘重巡栖姬，四艘驱逐水鬼所组成的强悍舰队。
“全旗舰级深海……”洛伊看着照片上那些强大而可怕的深海，觉得喉咙发干。
他又仔细观察了一下照片，发现这些体型庞大的BOSS级深海当中，还有一个正常人类体型的生物。
那一头金发，洛伊再熟悉不过。
“鲁道夫？看来他堕落为深海爪牙之后，拥有了类似深潜者那种，在海中自由行动的能力。”
“不仅如此。据可靠情报，他还掌握了某种能够隐藏黑暗气息的能力，所以才能够带着这些深海栖舰绕过防线，深入人类腹地海域。”
洛伊早就知道了这个消息。
在雅典娜号遇袭的那个夜晚，他就遇到过能使用某种类法术能力，将海水聚成高压水柱，破坏铁制舱门的深潜者。所以鲁道夫拥有某种特异能力，并不奇怪。
“大将阁下，海军需要我做什么？”洛伊问道。
小泽大将说道：“经过我和刘华勤元帅讨论，我们希望你的舰队能够立即出发，追击鲁道夫和他的舰队。同时，我们已经向鲁道夫附近的各泊地发出了命令，让他们马上出发拦截。”
那些后方泊地的战斗力都很弱，让他们去拦截这只实力强大的深海舰队，恐怕凶多吉少。不过现在敌人已经威胁到连通亚欧的南洋航线了，海军必须用一切力量，去消灭对方。
“遵命，大将阁下。”洛伊没有犹豫，接受了军部的命令。
他知道，这一战结束之后，就得暂别这个世界，回家去了。
既然是谢幕演出，那就竭尽全力吧！
离开大将办公室之后，洛伊在大门口被一个浅紫色头发的女孩子给拦住。
“洛伊中将阁下，请等一下！”
洛伊停下脚步，还以为是哪个迷妹来找他要签名合影呢。自从他升任中将以来，虽然一直保持低调，还是有不少海军女军官把他当成了偶像。
“对不起，我有紧急任务，要签名的话以后再说吧。”
“中将阁下，您误会了！”女孩递给洛伊一份人事调令。
洛伊看了一眼，才知道眼前的女孩并不是普通人，乃是舰娘重巡洋舰青叶。
她一改之后获得了一个名为“前线记者”的特殊能力。这个能力可以让她无视黑暗混沌能量带来的信息屏蔽，将前线的实况影音信息发回后方。
由于青叶属于旧式重巡，战斗力平平，所以海军部干脆发挥她的特长，将她任命为特派随军记者。
这一次追击作战，青叶弄来了一份人事调令，准备跟随洛伊一起行动。
根据她的说法，就是要将海军如今风头最劲，前途最光明的洛伊提督，及其麾下舰娘们在前线奋战的英姿，真实而全面的发回后方，让全世界人民都知道，海军是如何为人类而战的。
才刚刚接到出击任务，青叶就弄到了随军许可，这让洛伊也不得不佩服：“你们这些记者啊，真是跑得比谁都快……行李收拾好了吗？我的舰队两个小时后出发。”
“多谢中将阁下！青叶已经准备完毕了！”
多了青叶这一个记者跟班，洛伊其实挺欢迎的。她能够更好的将舰娘们战斗的消息，甚至第一手视频资料传回后方。对于想要通过舰娘们尽可能多凝聚信仰之力的洛伊来说，青叶可是一大助力。
综合指挥舰上的工厂，只能进行简单的修复作业。所以洛伊之外的提督们，只能老老实实呆在陆地上，等舰装修复完毕，才能率领舰队出发。
作为先行追击舰队，洛伊一个人提前出发。军部特地为他配备了一艘综合指挥舰——祝融号。海洋神教也专门调拨了一块黄金罗盘给他。
坐在祝融号的联合作战指挥室里，洛伊看着逐渐远去的东京湾，不禁有些感慨。上一次出击，前往特鲁克泊地增援的时候，雅典娜号的联合作战指挥室里，还人头攒动。而现在，自己身边一个提督都没有，只剩祝融号的舰长，以及记者小青叶陪伴。
祝融号开足马力，一路向南航行。
在驶过台湾海峡的时候，洛伊收到了一个不好的消息。
从文莱泊地出发的拦截舰队，在途中遭遇了潜水栖姬率领的深海潜艇部队埋伏，损失惨重，还未遇到目标，就不得不撤退。
而鲁道夫率领的深海舰队，在通过廖内群岛之后，转向西北，驶入暹罗湾。
之后，深海舰队向哥打巴鲁港发起了进攻，并很快将其攻陷。
当洛伊抵达文莱泊地，进行临时补给的时候，马来半岛已经被黑暗混沌能量污染，北上通路被拦腰截断。整个暹罗湾已经转化为深海区域，从黑暗混沌能量屏蔽信号传输前，拍下的最后卫星照片上，洛伊看到无数苍白的肉块混合着黑与红的邪恶雾气，在不断生长，最后变成了一个陆地型深海栖舰。
“飞行场姬……”查找了资料后，洛伊知道了新敌人的名字。