五月十二，秀保准备返回日本，万历帝挽留，秀保婉拒，帝遂遣百官送至城外，实乃尊贵至极；
五月十三，阔别二十年后，万历帝决定上朝，一改荒怠，励精图治，朝堂上下无不惊喜万分；
六月中，万历帝决心整顿吏治，治理朝堂党争，同时安抚流民，休养生息，重开海禁，鼓励海外贸易，加强对西方知识的学习和自主创新；这一系列大刀阔斧的改革一直持续到五年后万历帝病逝，史称“万历新政”；
八月初，万历帝敕封秀保为日本国王，同时按照国内亲藩为之定号“和王”，位同朱氏亲藩，朝臣多有上疏反对者，然帝异常坚决，百官只得奉诏；
十月中，万历帝于京师为秀保修建和王府，另配备杂役府兵千余人，邀秀保每三年来京居住三月，秀保遣嫡子河内满国赴京谢恩，帝赏金百两，绸缎百匹；
十二月初，应秀保之请，万历帝派遣儒学大家及门生百余人渡海赴日本讲学，秀保于每律令国兴建儒学馆一所，要求各家大名子弟入馆修学，每三年遣派品学兼优者五十人赴大明国子监深造，并且指明优先选派嫡子前往；此举被后世认为是强化明日交流和文化同化的开始；
四年（1620）
三月二十三日，水户藩主石田三成不顾身患重病，执意前往伏见觐见秀保，在得到秀保“扶持秀赖成为关白”的承诺后溘然长逝，秀保感慨秀吉时代的老臣一一辞世，悲怆之中作和歌一首寄托哀思；
五月中，丰臣秀赖晋升为右大臣，河内满国晋升从三位大纳言，河内光国晋升正四位中纳言，秀保辞去左大臣之职，外界认为这是为秀赖晋升关白做准备；
十月初，后水尾天皇驾临伏见，希望秀保担任太政大臣，秀保担忧引起秀赖不满，再次拒绝；藤堂高虎得知此事，暗中招来岛清兴和后藤基次商议；
十一月三日，藤堂高虎将家督之位传予藤堂高次，自己前往伏见居住，与秀保诸子往来密切；
五年1621
四月初五，大阪一带发生地震，波及京都和伏见，京都御所因此受损，多名女官及大臣罹难，后水尾天皇幼子因惊吓过度，在逃难途中夭折；秀保遣人将皇族接往伏见暂住，天皇深感其忠；
四月初八，天皇率众返回御所，傍晚，众人于御所后花园废墟中发现一块奇石，上以血书“清源归流”，侍女报之天皇，天皇不得解，乃请阴阳寮之阴阳师土御门一族前来查探；
四月初九，阴阳师告知天皇，“清源”寓意“清和源氏”，“归流”乃是回归“主流”之意，综观之，乃是上天告诫天皇，应该让清和源氏回归皇室；天皇仍对之前丧子等氏心有余悸，遂对阴阳师之言深以为是，然清和源氏众多，应该如何做，天皇不得解；此时阴阳师告诉天皇，清和源氏分布各地，但是按照尊卑，只需将清和源氏直系请回皇室便足以向上天表明诚意；天皇听罢，立即遣人拟旨，命令秀保携嫡子觐见；
四月十二，在和秀保一番商讨后，天皇颁布《皇籍奉还诏》，要求给予秀保及嫡子一脉皇族位分，秀保于伏见建宫，更名为保仁，是为“伏见宫保仁亲王”，嫡长子更名为满仁，嫡次子更名为利仁，秀保仍以亲王身份兼任征夷大将军，然秀保庶子仍以河内为苗字；
八月初五，听从秀保建议，天皇决定改明年年号为“开源”，以纪念皇籍奉还这一重大事件；秀保增献山城四万石为天皇御料地；
开源元年1622
三月，秀保察觉皇籍奉还一事并未引起大名反抗，遂安心接受天皇诏令，继任太政大臣；
五月中，丰臣秀赖到访，请求秀保为嫡子元服，秀保欣然应允，以“国”字赐之，是为丰臣秀国；
二年1623
三月十二，上杉景胜病逝，嫡子定胜继承新发田藩十五万石；
八月四日，黑田长政病逝，嫡子忠之继承三春藩十五万石。
三年1624
七月十三，福岛正则病逝，家中发生骚乱，秀保出兵扶持嫡子继承家业，但由于违反《武家诸法度》，没收十万石知行，将为三十五万石；
九月初六，高台院病逝，秀保将其与丰臣秀吉合葬；
四年1625
4.27毛利辉元病逝，秀保遣河内光国前往悼念，期间得知毛利辉元无嗣，遂奏请秀保，以满仁亲王次子继承毛利氏；
五月八日，次子抵达广岛，岛清兴为其元服，更名为毛利元清；
八月初八，万历帝病逝，长子继位，是为泰昌帝，秀保亲往京师朝贺，并奏请由满仁亲王继任日本国王；
九月十九，秀保返回伏见，正式奏请天皇，卸任征夷大将军，以嫡长子满仁继位，同月，嫡次子利仁晋升正三位权大纳言；
十月初八，后水尾天皇独子染伤寒夭折，皇嗣问题成为朝堂焦点。
五年1626
二月初七，丰臣秀赖晋升正二位左大臣，距离关白之位仅一步之遥；
三月中，泰昌帝病危，临终前执意召见秀保，秀保得召，即刻动身前往京师；
三月二十，秀保抵达天津卫，与此同时，后水尾天皇于伏见游玩时失足落水，伤重不治，与当晚病逝；满仁亲王得知消息，连夜召见藤堂高虎、武田胜亲及后藤基次等谋臣，众人皆以为此乃天赐良机，遂召见时任关白菊亭良季（秀保侧室菊亭持子长兄）如伏见宫，告知后水尾天皇殡天，菊亭良季大惊，不知所措；藤堂高虎建议满仁一不做二不休，矫诏称帝；菊亭良季深以为是，遂草拟遗诏，依计行事，史称“丙寅之变”；
三月二十一，菊亭良季护送后水尾天皇遗体返回京都御所，召集诸公卿宣读诏书，满仁亦命令光国和利仁率兵进京“稳定局势”；朝堂之上，菊亭矫称后水尾去世前以秀保为皇太弟，令其继承皇位；公卿大惊，然敢怒不敢言，且后水尾失独子，以秀保为皇有益于提高公卿待遇，增强皇权，思忖之后对此予以默认；满仁大喜，当即派人前往大明迎接秀保回国；
三月二十二，泰昌帝病故，委托秀保照顾天启帝，秀保婉拒，推荐袁可立、熊廷弼入京辅命；
三月二十五，那须资吉抵达京师，将京都之事告知秀保，秀保无奈黄袍加身，只好返回京都；
四月十五日，秀保于京都登基称帝，改年号为“皇统”，定伏见为陪都，立满仁为太子，利仁为伏见宫亲王；
五月至次年三月间，秀保按照大名宗藩制度进行改革，史称“皇统革新”；
1敕封嫡子为内亲王，利仁为恭亲王；
2敕封庶子为国亲王，河内光国为江（州）亲王、河内政国为势（州）亲王、丰臣胜国为浓（州）亲王、丰臣秀赖为摄（州）亲王；
3敕封秀次、秀赖（庶子）、庶孙一脉子孙为郡王，丰臣秀房为爱知郡王、丰臣秀光（秀赖庶长子）为南郡郡王、毛利元清为沼田郡王；
4敕封主要盟友及家臣为国公，宇喜多秀家为备国公、前田利政为贺国公、蒲生秀行为岩国公、德川忠直为总国公、池田利隆为越国公、浅野长晟为前国公、藤堂高虎为周国公、岛清兴为因国公；
5二十万石以上、三十万石以下其他大名敕封为郡伯，如福岛高吉为明石伯、那须资吉为足羽侯；
6十万石以上、二十万石以下大名敕封为城侯，如后藤基次为鹿岛侯、九鬼守隆鸟羽侯；
7十万石以下大名无爵位，但若是王土奉还，可根据实际情况赐予响应爵位的待遇，如美浓本巢藩（八万石）主织田秀雄最先奉还领地，秀保于京都为其建造屋敷，给予郡伯待遇。
此外，秀保还规定，郡伯或享有郡伯待遇以上的大名可与皇室通婚，大名间联姻需要奏明朝廷，否则当解除婚约。
皇统元年1627
五月九日，为巩固王权，秀保令以心崇传与藤堂高虎拟定《公卿诸法度》，法度规定：
1强制将藤原氏分家合并为一家，由菊亭良季为藤原长者，分支回归本家；
2规定从今往后，关白为虚职，只能从藤原氏、大阪丰臣氏、清洲丰臣氏三家中选出；
3规定从今以后，征夷大将军由太子兼任，下设三护国将军，分别由恭亲王一脉、近江河内氏、伊势河内氏担任，负责维护各方治安，但兵权需由征夷大将军授予；
4规定从今往后，左右大臣更名为左右丞相，左丞相以清洲丰臣氏、岐阜丰臣氏、周国公一脉优先，右丞相择贤能任命。
《公家诸法度》使得《养老令》基本被废除因而被称为《皇统令》，公卿干预朝政的可能被基本排除，丰臣氏、河内氏在日本的统治得到极大程度的加强，此后历代天皇都在《皇统令》基础上进行修改，力图稳定统治的同时又能择优治国，影响深远。
皇统十二年（1638年）
七月十二日，秀保于朝贺归国途中病逝，享年六十三岁，大明、日本两国无不痛心疾首，后世上尊号“后清和天皇”。三日后，太子即位，为表孝心拒绝改元，这一惯例一直延续至今。