在黄翔重新抓哥斯拉当“奶牛”时，外星飞船已飞到了美国，来到纽约世贸大厦上空，直接向下，停在其中一座的楼顶。
由于飞船的速度太快，美国方面又完全没想到，等飞船飞到世贸大厦上空时，楼中还有许多人在工作。
飞船停在世贸大厦后，并没主动攻击楼内的人员，而是控制了楼中所有的计算机，并以这座楼为原点，发出信号控制全球的电脑查阅人类文明的信息，并检索“黄翔”及“哥斯拉”的资料。
此时，全球无线电通讯全部瘫痪，联系不上白宫，纽约政府只能自己做决定。
被一艘来历不明的飞船停在世贸大厦，这艘飞船还在大肆入侵全球的电脑，纽约政府并没做出和原作电影里日本人一样的决定，派部队用爆破炸弹想将整栋楼和飞船一起炸掉，而是做了四方面准备：
一是疏散楼内的人员；
二是派人与外星人交流，能够和平交流自然是好，若不能够，纽约政府也希望能拖延时间让他们做更多的准备，以及从交流中，获得关于外星人情报；
三是在紧急组织世贸大厦附近的民众撤离，一旦交流不顺利，这片地区很可能会沦为战场；
四是在紧急调兵遣将，让军队赶向世贸大厦，做战斗的准备。
在外星飞船停在纽约世贸大厦查阅资料时，另一边，黄翔重新将哥斯拉抓了起来后，他飞到空中望着纽约的方向，在思考该怎么办。
组织者G1是外星人重塑肉身的希望，外星人肯定还会回来，不是找他，就是找哥斯拉。
找哥斯拉还好，那样，黄翔不用直接面对外星飞船，等外星人被组织者G1变成了怪兽，或许还可以找机会将外星飞船抢走，把外星人抓起来当宠物养。
可如果……
外星人要是觉得他体内的组织者G1更好，不找哥斯拉夺取组织者G1，而跑来找他，那乐子就大了。
黄翔可不想被外星人用飞船捶一顿，再夺取走他体内的组织者G1。
电影中，哥斯拉的组织者G1被大量夺取后，没死，还能活蹦乱跳，可自己就不一定了。
这么危险的事情，最好还是不要发生在自己身上！
可是该怎么办呢？
外星人真要来找他的话，以外星飞船的速度和结实程度，黄翔能去的地方，飞船肯定也能去，跑是很难跑得了的。
不能跑，那就只能有一战！
既然只能战斗，那就要选择最利于自己的地方。
什么地方适合于自己战斗，而不利于外星飞船呢？
深海！
黄翔脑中冒出这两个字。
海中的环境虽然对黄翔也是一种限制，但外星飞船依靠光为能源驱动，深海无光，在深海战斗，等于切断了外星飞船的能源补给，更加不适合外星飞船，只要在深海中能拖到外星飞船能源用尽，那黄翔就将获得胜利。
可想起来简单，实际执行仍是困难重重。
谁知道外星飞船所补充的能量能用多久？
又能否拖到外星飞船能量用尽？
可是没得选，外星飞船若真地找上来，只能这么做。
想好后，黄翔马上开始行动，他可不打算等外星飞船找上门来再行动。
他率领百多万只翔龙往大西洋深处飞行，由于卫星现被外星人控制，人类也没发现翔龙群的动静，外星人倒是发现了，暂时没有理会。
三个小时后，外星人查完了资料。
它查了地球的情况，决定在重塑肉身后，改变大气，将人类全部消灭，它要成为地球的统治者，只是在查哥斯拉和黄翔的资料时，外星人并没从人类资料库中查到关于组织者G1的信息。
既然资料已经查完，外星人准备行动了，它打算先去重塑自己的肉身，它的灵魂脱离肉身存在这么多年，已经极为衰弱，若不尽快重塑肉身，它的灵魂会越来越衰弱。
在外星人的文明中，已经证实灵魂可以脱离肉身存在，但无法长久脱离。长久脱离，灵魂会逐渐衰弱，直到消亡，而且没有肉身，灵魂无法继续成长。
经过思考后，外星人决定夺取那只大虫子体内的组织者G1，虽然黄翔和哥斯拉体内的组织者G1从性能上来说，没有区别，但黄翔会飞啊，这让黄翔在外星人心中被加了分。
当然，这个“加分项”，黄翔若是知道，一定不会想要。
外星人感应了下黄翔现在的所在，发现这家伙跑到了被这颗星球的土著称为“大西洋”的某一处深海，内心毫无波动：以为跑到那里，我就拿你没办法了？
外星飞船从世贸大厦楼顶往上升，外星人没关注下边十几个举着各种牌子冲它大呼小叫的土著，也没管世贸大厦周围布置的那些土著军队，直接飞走，向黄翔所在的海域而去。
外星飞船飞走，全球无线电通讯开始恢复，各个国家急忙重新控制自己国家的卫星，等卫星通讯恢复后，几个大国几乎在第一时间下令追踪外星飞船的行踪。
这外星人太危险了，比哥斯拉和那只大虫子还危险！
哥斯拉和那只大虫子想要进攻人类，人类觉得他们还有能力抵挡，可这外星人如果想要攻击人类，不需要多做什么，只需要控制核武器，分分钟能毁灭数十上百座人类城市。
因此，在对人类威胁程度排名上，外星人这一刻一举超过了黄翔，成为人类心中最大的威胁。
威胁，自然是要追踪观察，最好是能及时消灭！
外星飞船飞到黄翔匿身的海域，直接一头栽了进去。
外星人知道深海的环境对它不利，但它有信心在能源耗尽之前，将黄翔抓住，抽取他体内的组织者G1。
大海不比在空中，水的阻力比空气要大，可外星飞船在水中的速度一点也不慢。
黄翔已经感知到外星飞船来了，心中不禁大骂：狗X的外星崽子，不去找哥斯拉，找我干啥？哥斯拉才是组织者G1的原装持有者，是正版A货，我只是个小盗版啊！
外星人自是不知道黄翔的想法，继续朝黄翔藏身地点潜来，越往下潜，海水的压力越大，外星飞船却像啥都没感觉到一般。