轩辕与蚩尤相遇于牧野，由于蚩尤所属皆是巫族训练战兵之法，轩辕大败而归。
无奈之下，轩辕回到陈都之后大肆训练士卒，不断的寻找奇人。
三教修士纷纷下山辅助轩辕，阐教十二弟子纷纷下山。
轩辕周围能人无数，这里的情况早就有人报告给蚩尤，蚩尤连忙前去盘古神殿，前去请大巫助阵。有几位幸存下来的巫族前来帮助蚩尤争夺那人皇之位。
轩辕整顿兵马以后帅大军征讨九黎蚩尤。两军相斗与逐鹿。
只见蚩尤对着身边的两位巫族大巫说道：“全靠风伯雨师两位好友布阵，助我挣那人族共主。”
“蚩尤，我等何须客气。”风伯雨师齐声道，起身来到两军阵前。
只见风伯雨师化做巫族真身道：“风雨向阻，大雾迷茫，漫天迷雾。”
整个逐鹿被大雾所笼罩，让轩辕大军不知方向。蚩尤帅大军不停的劫杀。
轩辕坐在战车上，双眉紧缩，想着该如何去做。忙问坐在自己附近的广成子：“师尊，我该如何去破这大阵。”
“这阵法之道，我等不是精通。不过那龙族对雨雾天成克制，共主被人去那四海之地，请求龙族出手。”广成子惭愧道，感觉自己一身道行无那可用之地。
“我这就去派人前去，可是大军现在如何出去。我等被困于此，不等龙族到来，军心就涣散了。”轩辕在哪里着急道。
“共主，属下做那司南车，永指南方，可以用司南车辨别方向，领大军出去，来日之后，在去征讨可好。”只见一位大将向轩辕进言道。
“大善，就按照风后的方法去做。”轩辕下令，所有将士接跟从风后行走。
陈都之中，所有人脸上都挂着哀愁。今轩辕两次被蚩尤打败，不知道该如何是好。
“报，人教玄都大法师奉太清圣人之命前来。”
“广成子一听玄都来了，连忙和阐教弟子前去迎接。
“拜见共主，今奉太清圣人之命，送宝剑一把赠给共主。”只见玄都拿出一把宝剑呈给轩辕，一面绘着日月星辰，一面绘着山川江河。
“截教多宝道人，赵公明前来面见共主。”士卒在外言道。
端坐在凌霄宝殿的昊天对王母言道：“今众圣人门徒纷纷前去辅助人皇，挣那功德气运，我等是否应该派人前去。”
“若是派人，怕恶了圣人，不如我等派那山岳大帝山元和那九天玄女可好。一来，那山元本是通天教主座下入室弟子，不会恶了圣人，二来可宣扬我天庭。毕竟我等为那正统。”王母言道。
“那就依师妹派那山元和九天玄女下去。”
昊天让左右前去颁布自己旨意。
“天庭万山至尊山岳大帝山元和九天玄女娘娘前来拜见人族共主。”山元和那九天玄女站在大殿门口对那守卫说道。
“师弟来了，我等出去看看把。”多宝道人对着赵公明说着就往外面走。
“见过大师兄，公明师兄。”山元见多宝两人出来，连忙作揖道。
“自家兄弟，客气什么。走进去说。”一旁的赵公明对山元道。
山元看了看九天玄女有点不好意思道：“娘娘不好意思，我等师兄性格如此，不要见怪，娘娘请进。”
“尔等师兄弟关系如此只好啊，这等小事，玄女岂能生气，大帝岂不是要说玄女度量很小。”玄女眉目轻佻道，随之走进大殿。
轩辕坐在首位上，对着众人道：“今九黎蚩尤虽然有才，不过凶暴异常，还请诸位助我，”
玄女上前道“小女子这有昊天大帝的虎符，可鼓舞士气，听说那东海有异兽夔牛，可用其皮做鼓，克敌士气。”
轩辕连忙命人前去猎杀，做鼓三十六面。一切就绪后，命人前去九黎下战书，言三日之后逐鹿决战，胜败在此一局。
三日之后，轩辕佩戴轩辕剑，帅军驻扎在涿鹿，做等蚩尤到来。三教修士立于身后，战旗高悬。
只见漫天煞气自西北传来，一股古老的战意散播整个战场，轩辕背后的士卒都被战意煞气所扰。轩辕抽出轩辕剑，对天怒吼道：“杀！！！杀！！！”
一股傲世天下唯我独尊的气息从轩辕身上散出，身后无数士卒同时怒吼。
“蚩尤，你不尊神农共主之命，擅自起兵作乱，若你今罢兵归去，我还让你做那九黎之主可否？”轩辕站在车上对蚩尤道。
“轩辕，今日非战不可，我蚩尤文韬武略不比你差，共主之位为何是你不是我？我蚩尤不服？”蚩尤对着轩辕道“今天一绝胜负，胜者为那天下共主？九黎儿郎随我杀！”蚩尤举起虎魄刀冲向轩辕。
同时轩辕也祭起轩辕剑冲向蚩尤，底下无数军队开始厮杀。广成子等人立于云间，对着雨师风伯说道：“两位大巫还是回去吧，此事需要蚩尤和轩辕的决斗，我等干扰不了。若是两位大巫强行，吾等誓死阻止大巫。”
“哼，要是没有你等，蚩尤不一定能输，我等就在此观战即可。”风伯对广成子不满的哼道。
战场上鼓声震天，轩辕与蚩尤两人争锋相对。
“今后土立十大阎罗，愿天道成全。”一声清脆的声音彻响整个天地。
整个盘古神殿发出无量微光，一分为十飞向地府，同时发出呜吟，向是为整个巫族送终，北海海底也传出滔天怒吼。
盘古神殿乃巫族的象征，现在整个盘古殿化为十大阎罗殿，是结束这个巫族的命运，从今以后再也没有巫族的存在。
风师雨伯痛苦异常，对着那地府跪拜不起，整个九黎都充满着悲伤。
蚩尤满脸呆木，对那指在眉间的轩辕剑毫无在意。“蚩尤你败了，归顺我吧。用你的智慧为人族谋福吧。”轩辕看着目光呆板的蚩尤说道。
“轩辕，今你带我族人如你族人即可，我蚩尤本是巫族，今巫族不存，我蚩尤争夺共主还有和意义。”蚩尤看着那身后的九黎部众说道。
“九黎部众听令，尔等以后归顺轩辕，我为巫族，岂可偷生。”
“我等愿意追随族长。”九黎族人全部跪在下去痛哭不已。
“还不听从我的命令。”蚩尤双眼通红道。
“遵命，我等这就退居山川大泽，隐世不出。”无数战士痛哭褪去，看着自己族长自杀与阵前。
“今九黎蚩尤自杀与阵前，虽蚩尤擅起刀戈，然蚩尤对人族有功不可抹，今九黎褪去，既往不咎。”轩辕立于车前向周边侍卫传言道。
山元立于云端，默默的注视着整个战场。心道，没有想到是是这个结果。跟历史传说真的不一样，也许是后世越传越离谱的关系吧。不知道我截教能怎么样，三皇已过，五帝饿将很快结束了。